Dee incursionó en los mundos de la ciencia y de la magia. Dee fue un ardiente promotor de las matemáticas y un respetado astrónomo, así como un destacado experto en navegación, habiendo adiestrado a muchos de aquellos que llevarían a cabo los viajes de descubrimiento ingleses. En uno de los numerosos tratados que Dee escribió en los años 1580 alentando las expediciones exploratorias británicas en busca del Paso del Noroeste, parece haber acuñado (o al menos introducido en imprenta) el término "Imperio británico".
Simultáneamente a estos esfuerzos, Dee se sumergió en los mundos de la magia, la astrología y la filosofía hermética. Dedicó mucho tiempo y esfuerzo en los últimos treinta años de su vida a tratar de comunicarse con los ángeles a fin de aprender el lenguaje universal de la creación y lograr la unidad de preapocalíptica de la humanidad. Estudiante del neoplatonismo renacentista de Marsilio Ficino, Dee no dibujó distinciones entre su investigación matemática y su estudio de la magia hermética, la invocación de ángeles y la adivinación. Consideró sin embargo que todas sus actividades constituían diferentes facetas de la misma búsqueda: la indagación de una comprensión trascendente de las formas divinas que subyacen al mundo visible, que Dee llamó "verdades puras".
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